4.纯粹功能性的障碍，例如部份智障、耳聋、自闭症、精神分裂症，仍然无法作产前诊断。
5.有些胎儿畸形要到廿四周之后才出现，但是目前法律所规定的堕胎最后期限是廿四周。
但无论如何，各种产前遗传检查仍是确保生下健康宝宝最佳方法，而这些方法包括：怀孕初期的“地中海型贫血筛检”和“德国麻疹”及“梅毒血清测验”、十五至二十周的“唐氏症筛检”、十八至廿四周的“详细超音波检查”、以及廿四至廿八周的“妊娠糖尿病筛检”等。
地中海贫血
新光医院妇产科主治医师潘恒新指出，地中海贫血乃由于基因的结合表现于体内球蛋白上有缺损，使得红血球制造能力不足，而且有溶血进而有贫血的现象。
主要分为甲型及乙型地中海贫血，其发生率约为1/300～1/500。大部分台湾妇女怀孕时，轻度地中海贫血比较多，通常会建议在怀孕期间要补充铁剂（60mg），及叶酸（1mg），而甲型地中海贫血发生率相较于乙型地中海贫血低，若家族中有严重贫血者，建议做dna分析或9～13周时做绒毛膜筛检，排除甲型地中海贫血或重型乙型地中海贫血的可能，以求得更准确的诊断。
在德国麻疹方面，潘恒新医师说，由于国人在婴儿时期都有注射过预防针，感染者较少，若不幸发生在怀孕初期或孕前三个月内有长红疹的现象，必须提供信息给自己的妇产科医师，怕病毒传染给胎儿，而增加胎儿心脏、眼睛等异常的机会。
