添加益生元，在婴幼儿食品中是最为普遍的，从配方奶粉到婴儿辅食再到bb营养品，几乎是无处不在，绝对是最为“通用”的一类营养成分。
益生元是益生菌的“食物”，可以被肠道益生菌分解吸收，通过促进益生菌增殖，可以改善肠道消化和免疫功能。益生元主要是功能性低聚糖，最常用的是gos（低聚半乳糖）和fos（低聚果糖）。
益生元本是bb配方食品中可选择添加的成分，由于其具有改善肠道消化和吸收的功能，因此在婴幼儿配方食品中添加几乎成了必然，只是添加的品类和量视各品牌产品或有不同。有比较多的配方食品是以益生元组合（gos+fos）形式进行添加的，也有添加单一益生元的（生命阳光配方奶粉只添加了gos）。
关于益生元，最令人印象深刻的配方食品当数多美滋婴幼儿配方奶粉了。多美滋奶粉主打“优抗力配方”，其中“专利益生元组合（低聚半乳糖+多聚果糖）”是其主要卖点之一，添加量相比同类产品比较多。配方奶粉的营养非常丰富，而婴幼儿的消化能力又比较弱，益生元的添加可以通过增殖肠道有益菌，提高宝宝肠道的消化吸收率。因此，一般配方食品都会适量添加益生元。
提到益生元，自然而言也要说说益生菌。正如前面所述，对于改善宝宝肠道、增强免疫力起到直接影响的是益生菌，而益生元是作为益生菌的食物，能间接起到同样效果。因此也有配方食品是直接添加活性益生菌的。
