大多数病人采用药物治疗
巧克力囊肿给病人带来这么大的痛苦，该怎么治疗呢？目前临床上应用很多药物治疗这种病，如内美通、丹那唑、桂枝茯苓胶囊等药物。通过药物作用让病人暂时停经3～6个月，卵巢内子宫内膜也不会出血，这样卵巢内的囊肿就可能缩小。绝经期间，痛经等症状可以完全消失，但是想让卵巢内的巧克力囊肿完全消失不太可能，停药后仍有复发的可能。
囊肿大考虑手术治疗
手术是一个可以根治此病的方法。囊肿比较大、药物治疗无效的病人，应该考虑手术。手术方式有微创腹腔镜手术，也可采取开腹。对于45岁以上的病人，巧克力囊肿比较大且还在继续长大，或是诊断不太明确、怀疑可能是其他性质肿瘤的，应开腹手术，必要时切除子宫和卵巢，以达到一劳永逸的目的。同样对于那些无生育要求的妇女，也可以采取根治治疗。采用腹腔镜手术切除病变的卵巢也可以达到减轻症状的目的。但手术后却并非万事大吉，因为手术后，人体会恢复排卵，发挥内分泌功能，残存的内膜又会开始生长，所以手术后应尽早怀孕，因为怀孕后至少有一年的时间可以让这些内膜组织因为没有雌激素刺激而逐渐衰退被吸收掉。所以妊娠是最好的治疗，助孕技术也是最好的治疗。
但对于没有生育过的病人，手术时应尽可能保留卵巢功能，将囊肿剥离，把好的卵巢留下来。50岁以前的女性，能为其保留一个，哪怕只是半个健康的卵巢，也应尽力做到，因为卵巢是一个比较重要的性激素分泌组织。
