除此以外，要获得精确的测试结果，还存在着其它障碍。像专业医疗测试一样,怀孕自测的工作原理是检测hcg值，即人体绒毛膜促性腺激素的值。这种激素是由胎盘制造的,一般在怀孕几天后它就会出现在尿液里,但由于量少,开始不易测验出来，直到10天至14天才日益明显。（通过验血也可测得hcg值,而且要准确得多）。虽然许多种早早孕试纸上都表明女性在错过正常经期1天之后便可做怀孕自测,但实际上,不是所有怀孕女性排放hcg激素的速度和数量都相同，这是因人而异的。“过早地做尿液测试，所呈现的阴性反应可能是错误的。”妇产科专家如是说。所以，最好在月经期迟来两周后再做怀孕自测，这样结果会可信些。
如果在晚间做怀孕自测,准确率也会或多或少地受到影响。因为早起的尿液一般有最高的hcg值。很多早早孕试纸都没有说明一天中进行测试的最佳时间。一般来说，用早起第一次排出的尿液会测出最准确的结果。虽然阳性结果不像阴性结果那样误诊率高,但也有不少非怀孕因素会导致测试结果呈阳性：如尿中带血,近期有过的怀孕（在小产、人工流产或生育8周后都可以发现hcg激素）、卵巢肿瘤等病症,或服用一些生育药品。
尽管如此，大部分女性还是盲目地相信早早孕试纸的威力,每年早早孕试纸的销量大得惊人。医生甚至也依赖此种试纸来判断病人是否有孕，错误的测试结果使医生开出了不适合孕妇服用的药类，如强力痤疮药,能导致胎儿生理缺陷。无论结果是阴性还是阳性，错误的测试结果都是有害的。那些通过自测误以为自己没有怀孕的女性可能会继续吸烟、喝酒、接受x光辐射，或服用孕妇不宜的药品，这些全是对胚胎有害的。至于那些千方百计想怀孕的女性，错误的阳性结果会使她们空欢喜一场,情感上会受到很大打击。
