跟水银体温计相比，耳温枪最大的好处是方便不肯配合的小宝宝使用，使用的时候只需要拉一下宝宝的耳朵测量，就能迅速知道宝宝的体温。此外，由于水银温度计易碎，人们担心水银对家居环境的污染，也开始不再使用水银体温计。
然而耳温枪在测量体温的准确性方面备受争议，生产商家家自然是不遗余力地宣传耳温枪是最准确的测量体温仪器，理由是大脑深部的下视丘里有一个支配人体恒温的定点，在发烧时，下视丘的温度最早上升，而供应耳膜与供应下视丘的血流恰好互有交通，因此用耳膜温度来反映人体的温度最为适当。
尽管这个理论具有一定的道理，但仍无法摆脱人们对耳温枪的质疑，最突出的一个问题是耳温枪存在较大的误差。
首先是取样的误差，比如测量的时候耳朵里有耳屎，可能会影响准确性；
其次是操作不准确的的误差，耳温枪的使用要非常规范，否则会影响测量效果；