经研究分析，自然分娩的婴儿最初的肠道菌群主要来源于母亲的产道和外周的细菌，对于剖腹产婴儿而言，没有接触到母体消化道和产道内的微生物，并且暴露于特定的医院无菌环境，因此较自然分娩的婴儿，其肠道菌群建设与发育明显滞后。有研究显示，消化道早期定植的肠道菌群在婴儿免疫系统的发育成熟过程中扮演着重要角色。自然分娩可促进新生儿免疫系统细胞因子的产生，而剖腹产可以改变或延迟新生儿肠道菌群早期定植并增加特异性疾病的发生率。慕尼黑ludwigh-maximilians大学的研究者们也发现，肠道菌群是免疫系统发育成熟的重要因素。
因此，剖腹产不但有可能影响婴儿免疫系统成熟、降低抗病能力，还可能是剖腹产儿童易患感染性疾病或过敏性疾病风险升高的主要原因——即前文所述的更易导致机体变态反应。
目前中国的剖腹产率异常偏高，有数据显示，中国平均剖腹产率达到50%，远超过who推荐的15%的上限，这里面原因很多，一方面剖腹产需要住院时间长，手术费用也高，医院可以从中获利;另一方面现在的年轻女性普遍怕疼，想找个方便的方式解脱，还有一些其它的原因，多半是一些陋习，比如有人希望选择一个“吉利”的日子或者赶在9月1日入学分界线之前把孩子生下来。
