手术对解除疼痛、促进生育功能效果较好，所以是治疗内异症的主要措施。对重症患者如病灶较大，纤维化多，粘连紧密，一般药物无效。较大卵巢内膜样囊肿，子宫肌腺病药物治疗无效者，以及药物治疗失败的病例。
手术方式如下：
保守性手术：
主要用于年青要求生育的患者，保留子宫及附件，至少保留一侧附件。主要为切除病灶，分离粘连，重建卵巢，修复组织。近几年应用显微外科手术切除异位灶，仔细缝合创面，重建盆腔腹膜，避免粘连，仔细止血，彻底冲洗，提高了手术成功率，保持手术后妊娠率为60%一80%，复发率为27%～40%。
①腹腔镜下手术，烧灼和切除术治疗内异症。腹腔镜下应用特种设计的刀、剪、钳等进行手术操作。1979年bruhet和tadir等为243例内异症行腹腔镜治疗，通过装有电视摄影，放大和控制设备的腹腔镜进行诊断及病灶切除，气化和分割粘连等治疗，不用缝合以减少手术后的粘连，妊娠率为69.1%，治愈率为74.7%。
国内应用腹腔镜穿刺治疗卵巢内膜异位囊肿、经腹腔镜穿刺吸出囊液，生理盐水冲洗，术后加用药物治疗、其优点为手术创伤小，如复发后再次保守手术较易成功，且穿刺对保留生殖腺具有更大把握。其缺点为穿刺术后的妊娠率低于剥出术，对多发性囊肿难以逐个穿刺，如囊肿周围粘连严重，解剖不清，宜慎重。
