男性不育有很多原因，先天性问题较大，后天性比较容易克服，只要医疗得法，还是有机会再先生机。
以内科疾病为例，如糖尿病及有些神经系统的疾病，会引起性无能，也会造成精虫产量减少。肺结核引起的副睪丸炎和前列腺炎，都会使精虫的输送发生问题，如果患者常罹患慢性鼻窦炎、慢性支气管炎及细支气管扩张症，这些症状有时和精虫无力症或组织囊状纤维化症（造成双侧输精管缺损）有关。青春期后的腮腺炎有时会引起睪丸炎，使睪丸失去制精能力。
长期大量服用烟酒会造成精子品质下降。吸食大麻、海洛因也会影响男性生育力。最近六个月有无发烧超过38.5℃，如果发烧超过38.5 ℃，会抑制精虫的制造达六个月之久，并且发烧也会破坏精虫dna。
有一些药物会造成精虫暂时性或永远性的减少，像一些贺尔蒙制剂，如男性贺尔蒙、女性贺尔蒙、类固醇等一些治疗泌尿道感染的药物，如nitrofuratoin；治疗痛风的药物如秋水仙素、治疗溃疡性结肠炎药物，如sulphasalaz inel（一种黄胺剂），会造成精虫数目暂时性的减少。孕妇食用或暴露在女性贺尔蒙或类女性贺尔蒙添加物，会生下生殖器异常或睪丸制精能力低的男孩。为使身材健美而服用男性贺尔蒙也会造成精虫数目下降。
一些治疗癌症的化学药物也会对生育能力造成影响；放射线治疗会对生育功能造成不可恢复性的伤害，对于这些病人事先将精虫冷冻起来以备日后之需有其需要。
另外，最近半年内有无为了外科手术接受全身麻醉、有无接受睪丸切片手术，这些都会暂时抑制睪丸制精能力。曾经接受前列腺切除手术、膀胱颈口因阻塞手术的病人，有时会造成逆行性射精造成无精子症。尿道口因外伤造成狭窄也会造成精子不能射出。
尿道下裂症或尿道上裂症在重建手术之后有时会造成射精困难。疝气的手术有时会造成输精管的阻塞。输精管结扎或切除手术会造成抗精虫抗体的产生，这些使得输精管再接通手术的效益打折扣。成功的精索静脉曲张手术之后，精子品质还是没有改善，则要找出其它造成不育的原因。
重复的泌尿道感染，像前列腺的感染，会伤害到生殖器官，而影响精子的品质。性病，如梅毒、淋病、单纯性疱疹病毒及人类乳突病毒的感染，都会造成男性不育。疱疹病毒及人类乳突病毒会降低精虫活动力。
睪丸曾经受到外力伤害，偶尔是造成不育的原因，这主要是因睪丸外伤造成睪丸血肿或睪丸萎缩，单侧睪丸外伤会经由抗精虫抗体的产生，影响另侧睪丸所制造精虫的功能。在青春期前或青春期是否曾有阴囊肿胀剧痛的经验，这表示可能是睪丸扭转，睪丸扭转超过六个小时没有紧急开刀会造成生育能力下降。隐睪症也和不育的严重程度有关系。
长期暴露在高温下工作，如长时间驾驶或常洗三温暖，都会造成睪丸裂精能力下降。慢性接触重金属物，如铅、镉、汞，或杀虫剂、除草剂、含碳酸硫化物，都会降低生育能力。
